政府は長期優良住宅の普及を図るために、様々な施策を行っており、減税や金利の優遇もその一つです。
長期優良住宅を建てた場合は、住宅ローン減税の借入限度額又は、控除率のいずれかの優遇措置が受けられます。
長期優良住宅の認定を受けた住宅では、対象年度における所得税の確定申告において、投資型減税の特別控除を受けることができます。

税率の優遇に関しては、登録免許税、不動産取得税、固定資産税が優遇されます。
金利に関しては、住宅金融支援機構が提供する、長期固定金利住宅ローンを利用した場合に、借り入れ金利が引き下げられます。

また、長期優良住宅は、省エネ住宅ポイント制度の対象となり、制度実施時は申請によりポイントが付与されます。
長期優良住宅には様々な特典が用意されていますが、特典を利用するためには申請や申告、申し込みが必要となる場合が多く、特典に対する理解が必要となります。

長期優良住宅は一般住宅と比べて性能が高く、建築費も割高となってしまいますが、特典の利用により、割高となった分のかなりの部分を取り戻すことができます。